Le attività di ricerca della Scuola Superiore Sant'Anna, grazie all'interdisciplinarietà e all'interazione con il mondo culturale, sociale, scientifico ed economico, ha creato nel corso degli anni un forte impatto sulle dinamiche industriali e sull'innovazione tecnologica. Questa attività ha dato luogo nel tempo a importanti e consolidate collaborazioni con imprese ed enti pubblici. Dai laboratori e centri di ricerca della Scuola sono nate numerose imprese spin-off ed un esteso portafoglio brevettuale composto da titoli nazionali ed internazionali alcuni dei quali condivisi con altre istituzioni pubbliche e private o concessi in licenza a imprese. La Scuola è tra le migliori Università in Italia per rapporto tra brevetti e numero di docenti/ricercatori/ricercatrici in Science & Technology. A questo si aggiunge un consistente numero di imprese spin-off in settori ad alta tecnologia quali la robotica, la fotonica, la microingegneria, il biomedicale, l'ambientale, la consulenza finanziaria, tecnologica e giuridica.

JOTTO è l'Ufficio di Trasferimento Tecnologico congiunto costituito dalla Scuola Superiore Sant'Anna, Scuola Normale Superiore, la Scuola IMT Alti Studi di Lucca e Scuola IUSS di Pavia sul tema della valorizzazione della ricerca e della Terza Missione universitaria.